Szombathely keleti városrészében, a hajdan önálló faluként létezett Szentmártonban áll a Szent Márton tiszteletére felszentelt templom. A római korban itt, az Arrabonába (a mai Győr) vezető út mentén terült el az antik Savaria keleti temetője. Területén a 4. században alakult ki az az ókeresztény temető, amelynek több sírköve is ránk maradt. E temető egyik sírkápolnájában nyerhetett rövid időre nyughelyet Szent Quirinus sisciai (Sziszek) püspök holtteste, aki a keresztényüldözések idején, 303-ban halt vértanúhalált Savariában. Több jel mutat arra, hogy Pannonia feladása után a helyben maradt keresztény közösség tovább használta temetőjét.

791 októberében Nagy Károly az avarok elleni eredménytelen hadjáratából Savarián keresztül tért vissza országába. Látogatásának oka Tours-i Szent Márton püspök szülőhelyének felkeresése lehetett, akinek személye családjának és az egész Frank Birodalomnak védőszentje volt.
Az Oriens (Keleti)-tartomány átszervezése - 829 - után Savaria grófsági székhely lett, a Rába-grófság központja. Ezt követően került sor a megszentelt földterületen, az egykori keresztény temető területén álló sírkápolna templommá való átépítésére. Ez a minden bizonnyal Szent Márton titulusú templom 860-ban már biztosan állt. Jogállását tekintve ez volt a plébániatemplom, és az is maradt a következő évszázadokban is. Körülötte a későbbiekben is folyamatosan működött - a kor szokásának megfelelően - a temető. A magyar állam- és egyházszervezés idején fontos stratégiai szerepet játszó és az akkor is még használatos római Borostyánkő-út mellett fekvő Savariában még Szent István uralkodása idején, a korábbi templom helyén egy faszerkezetű templomot emeltek, amit aztán néhány évtized múlva, talán még Szent László király uralkodása alatt egy hasonló alapterületű, félköríves szentélyű téglatemplommal váltottak fel. Erről II. Paszkál pápa 1102-ben kelt bullájában olvashatunk először, amely első helyen említi ezt a templomot a Pannonhalmi Bencés Apátság birtokai között.
1230 tájára megváltozott ez a helyzet, hiszen erre az időre Szombathely városa, annak plébániatemplomával együtt - nyilván királyi adományból - a győri püspök birtokába került. Ezt követően a templomot késő-román stílusban megnagyobbították és kifestették. Egy 1360-ban kelt oklevél említi a templom előtt lévő kő kutat. A hagyomány szerint ennek a kútnak a vizével keresztelte meg édesanyját Szent Márton.
A 15. században a Szent Márton-templomot gótikus stílusban építették át. Ekkor a vártemplom mellett Szombathely város második plébániája volt, ám a 16. századra újra az egyetlen plébániává vált. Az 1606 óta meglévő városi jegyzőkönyvekből arról értesülünk, hogy a 17. század első felében a város sorozatosan javította és építette plébániatemplomát. 1638-ban azonban Draskovich György győri püspök a templomot, annak minden vagyonával együtt a Magyarországon ez idő tájt újból megtelepedő domonkos rendnek adta és a plébániát a vártemplomba vitette át.